在上述背景下，即將進入21世紀時，日本政府發起了第三次的農村經濟結構改革。這一次的改革與其說是農村的經濟結構改革，不如說是農業觀念的根本變革。1999年，日本政府制定并發布了第二個農業基本法，正式名稱為《食糧、農業、農村基本法》，簡稱新農業基本法。和第一個農業基本法把農業單純地看作一個普通產業相比，新農業基本法把農業看作一種社會產業，即它為全社會提供價值，也需要全社會來扶持。具體來說，日本政府認為農業是一種國防產業，它為社會提供糧食安全；農業也是一種文化產業，它為社會保持傳統文化；農業更是一種環境產業，它為社會提供綠色生態環境。為了尋找觀念轉變的科學依據，日本政府正式咨詢日本科學界最高機構“日本學術會議”，請科學權威重新評估農業的地位和作用。2001年日本的最高學術機構“日本學術會議”應政府的要求專門發表了關于農業功能的咨詢意見，強調了農業的三方面功能：1.糧食安全的保證功能；2.生態環境維護功能；3.社會和文化的功能。具體功能項目和表述示意如表1。

　　日本民間智庫三菱綜合研究所當年也嘗試著對農業的多功能進行了貨幣評價（表2）。根據這一評價，日本農業除了農產品以外的多功能評估，其價值總值約82085億日圓，大致相當于一年的農業生產總值（2004年日本農業生產總值為87863億日圓）。

　　根據科學家的意見，日本政府在新農業基本法中強調日本農業今后要重點發展生態農業、觀光農業和休閑農業，以體現農業的更多社會功能。這也意味著日本農業將得到政府和社會更多的保護和扶持。

　　但是，由于日本社會本身的深度老年化，日本農業已經面臨了后繼乏人的嚴峻時刻。未來的農村改革，將需要解決的是農業的勞動力問題。對此，日本將不得不開放國際勞動市場，在某種程度上依賴發展中國家的年輕勞力來維持農業生產的正常發展。