進入新世紀以后，林毅夫在繼續關注中國現實經濟問題的同時，把更多的精力投入到發展經濟學理論層面的研究上。2006年我出差去北京，林毅夫到亞洲大酒店來看我，介紹了他在發展經濟學方面的研究進展，說及他接到了英國劍橋大學的邀請，將于2007年去做一年一度的馬歇爾講座。馬歇爾講座是世界上最重要的經濟學家論壇，從1946年起每年邀請一位經濟學家做講座。林毅夫是第61位主講者，在這之前的60位主講者中有15位獲得了諾貝爾經濟學獎。談話中，林毅夫向我詳盡地介紹了他準備演講的內容，打算以《中國的奇跡：發展戰略與經濟改革》中提出的經濟體制內生于發展戰略的理論框架為基礎構建一個數理模型，用二戰以來發展中國家的經驗數據對這個理論模型的各個推論做經驗檢驗。我意識到這標志著林毅夫的研究已經超越了以往的戰略和政策層面，在基本理論方面取得了重大進展，當即向他組稿，希望將演講稿的中文版交由我出版，林毅夫一口答應。以后我又多次催促林毅夫盡快交稿。2008年，林毅夫致電與我，告之因為北京大學領導一再要求他將此書放在北大出版社出版，他作為該校教授無法拒絕，希望我能對此事予以諒解。我雖覺得有點遺憾，但也認為在北大出版社出版是一個不錯的選擇。這本書的英文版在劍橋大學出版社出版，書名是《經濟發展與轉型：思潮、戰略與自生能力》，共有5位諾貝爾經濟學獎得主予以推薦，創下了劍橋大學出版社的紀錄。2008年，林毅夫擔任世界銀行首席經濟學家、高級副行長后，先后考察了數十個非洲、亞洲、拉丁美洲發展中國家，用他的理論分析框架來觀察這些國家的發展轉型過程，并結合這些國家經濟發展轉型的實踐，在理論和政策的層面進行了進一步的探索，于2011年初正式亮出了“新結構經濟學”的旗號，并把它視為發展經濟學的第三波思潮。

　　發展經濟學是第二次世界大戰結束后，為解決發展中國家轉型與發展問題而建立的一門新的學科。發展經濟學的第一波理論思潮以結構主義為基礎，從市場失靈出發，主張政府干預，但并沒有解決發展中國家的現代化問題，同時也暴露出計劃經濟體制的根本缺陷；發展經濟學的第二波思潮，以新自由主義經濟學為基礎，從政府失靈出發，反對政府干預，主張自由市場經濟，但也使發展中國家的現代化受阻，經濟績效下滑。新結構經濟學認為，經濟發展本質上是一個技術、產業不斷創新，結構不斷變化的過程，它的假設是：一個國家或地區，其在每個時點上的經濟結構是由那個時點的資本、勞動、自然資源等要素稟賦及其結構決定的；對于特定的經濟體，每個時點上的要素稟賦及其結構又是可變化的。新結構經濟學的努力在于，把早期經濟學家關于比較優勢貿易戰略這一學說推廣到發展中國家整個經濟結構變化升級的全局考慮中，構造以符合自身比較優勢的發展戰略為核心的發展經濟學。新結構經濟學主張發展中國家根據自己的國情，把市場機制和政府作用有機結合起來，既把市場作為資源配置的決定性基礎機制，又強調發揮政府因勢利導的積極有為作用，以克服結構升級和轉型中必然存在的市場失靈問題。為保證政府作用的有效性，新結構經濟學還在政策的層面提出了發展中國家政府“增長甄別和因勢利導”的六個步驟，作為制定產業政策的框架。最近七八年，林毅夫為創建新結構經濟學，組織力量在理論、方法、工具等層面，做了大量基礎性的工作。我們有幸在2012年出版了其主編的反映這方面研究成果的《新結構經濟學文集》，又一次見證了林毅夫在發展經濟學領域做出的新貢獻。

　　新結構經濟學產生以來，引起了國內外經濟學界的重視和關注。有不少好評和贊譽，也不乏質疑和批評。國外的好評多于質疑，而且討論多集中在理論的層面；國內的質疑多于好評，但大多集中在政策的層面。國外經濟學家重視林毅夫的研究，一方面是因為在西方經濟學的主流市場上，發展經濟學在過去20年沒有大的進展，經濟學家對其的研究熱情逐漸下降，而林毅夫的新結構經濟學重新點燃了他們對這一領域的研究熱情；另一方面是因為2008年金融危機爆發之后，西方發達國家普遍陷入嚴重的經濟困境，使不少經濟學家開始反思西方主流經濟學的問題。國內經濟學家的質疑主要表現在這樣幾個方面：

　　一是如何看待市場和政府的關系。新結構經濟學提出了“有效市場，有為政府”的觀點和理論，認為在堅持市場對資源配置起決定性作用的同時，應充分發揮政府的積極作用，以彌補市場的缺陷和失靈。對于政府在經濟發展中應該扮演什么樣的角色，國內經濟學家之間存在重大分歧。不少經濟學家認為，政府的作用就是英國古典經濟學家亞當·斯密所說的“創造給人自由的環境、法治，包括產權制度的保證”，僅限于此。而林毅夫則認為，除此之外，政府還應在提供基礎設施、公共服務等方面擔當重要角色，在為符合比較優勢的產業變成競爭優勢方面發揮重要作用。其提出的政府“增長甄別和因勢利導”的六個步驟，便是發展中國家政府可有為之處。

　　二是如何看待發展中國家的“后發優勢”。新結構經濟學認為，經濟發展的本質是基于勞動生產力水平不斷提高的技術不斷創新和產業不斷升級，發展中國家可以利用與發達國家的技術和產業水平的差距所形成的“后發優勢”來加速經濟發展。而對于那些過去違反比較優勢、采取趕超戰略的發展中國家，在改革的過程中，對那些資本密集、在競爭市場中缺乏自生能力的大型國有企業，可以雙軌漸進的方式來實現轉型。質疑新結構經濟學的經濟學家則采用楊小凱的“后發劣勢”說，來反對“后發優勢”說，認為如果發展中國家不先模仿西方國家進行憲政體制改革，僅在經濟領域進行改革，雖然前期的發展速度會快一些，但長期來看會導致問題叢生，經濟陷于困境。這些經濟學家一般都用中國當前經濟生活中出現的腐敗問題和收入差距拉大現象來作為論據。對此，林毅夫認為，新結構經濟學在強調發揮“后發優勢”來加速發展經濟的同時，也強調在經濟發展過程中要創造條件，審時度勢，推進制度改革，把舊體制中的各種扭曲消除掉，以建立完善、有效的市場。至于是不是因為沒有進行西方式的憲政改革就必然會導致腐敗和收入分配差距拉大，林毅夫引用世界銀行的研究告訴我們，這些問題在前蘇聯、東歐等先行開展憲政改革的國家同樣存在，甚至更加嚴重。他舉例說，在這些國家，為了避免私有化以后的大型企業破產倒閉造成的大量失業問題，或是因為這些企業涉及國防安全等原因，在休克療法消除了舊的補貼以后，又引進了新的更大、更隱蔽的補貼，其結果是尋租、腐敗和收入分配不均的現象比中國更嚴重。