“撥款制”改制為“貸款制”。財政定額撥款改制為學術競爭貸款，按學科客觀需求、科研勞動性質、學術成果規律組織貸款，防止研究經費無度浪費和學術泡沫化。科研經費貸款到學者，實現科研條件、科研能力與科研勞動力所有者的直接結合，促進小學者、新學者的充分發展及其夯實科研基礎，產出科研精品。科研勞動者與科研條件的直接結合，是小學者、新學者成長的條件，也是大學者健康發展的基礎。

　　“項目制”轉變為“人頭制”。將科研項目經費審批制度轉變為科研人員貸款資金預決算制度，確保學者，尤其是“小學者”、“新學者”的科研條件和研究權力，營造科研平等權利、公平競爭環境，防止學術界新剝削和食利者階層的產生。尊重老學者和大學者是“撥改貸”制度化得以推行的前提﹔激勵小學者和新學者是“撥改貸”制度化得以推進的動力﹔懲處懶學者和賴學者是“撥改貸”制度化得以推動的保障。

　　“收入制”調整為“工資制”。將增加學者收入的思路調整為科研勞動者工資漲價方案，按科研勞動力價值預決和核算科研人員的工資，將科研精力從報銷的漩渦中解放出來。科研勞動力價值采取工資的形式，不但使收入來源明朗化，而且使科研人員的全部勞動表現為有酬勞動，防止重蹈“造導彈的不如賣雞蛋”的中國商品化初期的歷史覆轍，防范學者商人化、學術商品化、學風商業化的系統性風險，實現科研勞動者的工資與科研投入、學術成果、學科性質掛鉤。

　　科研經費“撥改貸”的具體措施設想如下：公開招標，廢除“內定制”，盡量做到與市場化發育度相當的公平、公正。在現行科研經費管理體制下，科研項目表面上是公開招標，但實質上仍然是定向投標——招標僅僅是走形式、做樣子。

　　交叉評審，組建非科研項目直接利益相關者的評定委員會，防止評委的肆無忌憚。目前科研項目申請審批會一定程度上演變成科研經費分配碰頭會，甚至是文人相輕、相斗的場所。

　　中標公示，自覺引入市場外審機制，促使科研項目獲得者的科研行為受到公眾的監督。倘若，科研項目經費的使用和管理僅僅依賴學人的尊嚴自律、學界的道德良知、科研經費報銷規定、文人相輕內訌和家屬反目舉報，是難以做到適當監督控制的。

　　資格識別，將審核焦點從只看身份、頭銜和論文數量轉移至也看科研水平、學術精神、學科性質、科研能力和成果質量。“重頭銜輕學術”的科研經費撥付機制正是造成科研經費黑洞和滋生腐敗的制度癥結所在。

　　動態監督，設計適應現代科研性質和客觀需求的監督制度，滾動監控科研進展狀況，實時公開科研成果狀態，改變科研領域濫竽充數和拖欠逾期學術成果的習慣。科研監督僅僅依賴于靜態的制度條例收效甚微。

　　匿名鑒定，一改往日“熟人公開評審熟人成果”的做法，而采取“學者匿名鑒定學術成果”的措施，且成果鑒定委員應當設有普通學者、教師和學生的席位，從而確保多視角、多維度的成果評審。

　　嚴肅合約，維護學術合同約束性和正當性，“規定”制定者也必須應有守信合約、履行條款的意識和行動，并以身作則。

　　莊嚴審判，厘清科研經費報銷“違紀”與“違法”、“原罪”與“新罪”的不同性質，對于挪用、私吞和貪污科研經費的違法行徑嚴懲不貸。