日本加入TPP談判后，其巨大的經濟能量必然對既有談判格局和議程設置造成巨大沖擊。TPP談判實質上是所有談判方在多個領域就各類議題達成自由化標準很高的統一協議，這對實力最強的談判方美國都有很大難度。日本加入談判，固然增強了TPP機制在亞太區域合作中的影響力，卻也增大了TPP談判達成統一多邊協議的難度。就TPP機制的規則形成而言，TPP機制的既有規則不斷被修改，新規則不斷被制定，迄今仍未形成統一、固定的規則。以龐大經濟規模為支撐的日本加入TPP談判，有助于把握規則制定的先發優勢，從而對TPP機制的形成進程享有話語權。換言之，作為TPP談判方中的第二大經濟體，日本加入談判后不會簡單接受既有規則，而是會提出最符合自身利益的各項主張。可見，隨著日本加入TPP談判，各談判方之間的摩擦將進一步增多且更難以協調，進而將加大達成最終協議的難度和延后談判推進的時間表，談判各方力量格局和談判進程中的規則制定也將發生很大變化。④

　　相比既有的亞太區域合作機制，TPP機制涉及領域廣泛，談判體系復雜。在TPP尚處于P-4的階段，強調以“分期付款”式的漸進式談判吸引更多的成員，美國、澳大利亞、秘魯、越南、馬來西亞等五國在此背景下參與TPP談判。然而，美國在宣布正式參與TPP談判的同時，即聲稱要“引入堪稱21世紀自由貿易協定的高標準”⑤。美國一方面擴大了TPP機制涉及的談判領域，提升了自由化標準，談判戰線進一步拉長，另一方面又急于在短期內盡快完成全部談判，留給各談判方的時間非常有限，最終導致TPP談判“欲速則不達”。時至今日，TPP機制不但未能實現美國最初高調宣布的2011年11月APEC峰會前完成全部談判的目標，在可預見的未來也很難實現這樣的談判目標。隨著日本加入談判，TPP談判又增添了日美貿易爭端的復雜因素，完成談判的前景更顯不確定。具體而言，TPP“高標準、寬領域”的談判體系面臨以下幾方面障礙。

　　其一，TPP談判的基本模式難以確立。如何處理統一的TPP市場準入機制與各談判方相互間既有市場準入機制的關系，是談判面臨的重大難題。美國極力主張在統一的TPP市場準入機制之下，保留各談判方相互間既有的市場準入機制。一方面，美國不希望讓自身與部分TPP機制成員之間既有的市場準入待遇惠及所有TPP機制成員。另一方面，美國與部分TPP談判方之間既有的服務業和知識產權條款自由化標準高于TPP談判的預設目標，在這些領域，美國也不希望統一的TPP機制取代美國與部分TPP談判方之間既有的雙邊機制。然而，澳大利亞、新西蘭、文萊等國與美國的主張相反，希望以統一的TPP機制理清各談判方之間“意大利面條碗”式錯綜復雜的既有雙邊機制。由于各國政策分歧過大，這一問題至今仍未找到解決途徑。

　　其二，農業是困擾TPP談判的重要問題。美國國內以糖業和乳制品業為代表的農業利益集團要求奧巴馬政府維持美國既有的雙邊FTA市場準入機制，認為TPP機制對于美國農產品的出口推動作用甚微。以美國與新西蘭的農產品貿易為例，2010年3月，30位美國參議員聲稱，倘若給予新西蘭乳制品更多的市場準入優惠，將在十年內給美國乳制品業造成200億美元的損失。而新西蘭方面則聲稱，新西蘭的乳制品出口規模不足以對龐大的美國市場構成實質性沖擊。直至今日，TPP談判在農產品貿易的眾多領域仍舊懸而未決，尤以糖類和乳制品為甚。

　　其三，美國在原產地規則問題上的立場與TPP其他談判方相去甚遠。自北美自由貿易協定(NAFTA)談判的時代起，美國就主張實施嚴格的具體到國家和產品的原產地規則，特別是對于紡織品，美國提出了更為苛刻的“紗線向前”(yarnforward)規則，即對棉花、化纖等紡織原料的原產地也有嚴格規定。美國的主張遭到了除秘魯外的所有其他TPP談判方的強烈反對。這些國家傾向于更為寬松的原產地規則，主張以“地區規則”取代“國別規則”。盡管如此，美國仍在繼續努力推動針對紡織品與服裝實施嚴格的原產地規則。此外，在知識產權、投資、勞工與環境標準等問題上，TPP成員在談判中所持立場也有較大分歧。美國不僅與TPP談判方中的發展中國家難以達成妥協，與日本、澳大利亞、新西蘭等發達國家也有較多沖突。這些分歧在短期內都難以解決。