然而，人們普遍相信自由意志的存在并將其看作是道德實踐展開的根據，自由意志成為人類思考價值與意義的基礎。作為承擔責任的載體，人們要為自己的行動負責。在倫理和法律領域，如果一個人沒有覺知到他關于行動做出的選擇，并且正在無意識地施行這些動作時，社會傾向于認為他的行動具有一個減免的責任。一旦人們放棄相信自由意志，某些道德直覺將開始松動，因為當人們認為即便是最可怕的掠奪者，也是不幸天生注定如此，那么人們的道德感和斷惡行善的邏輯也就隨之削弱。

　　當然，對于實驗數據的解讀，也有研究者從科學的層面表示質疑。在他們看來，這些實驗被過度簡化了。一些人批評道，實驗中微小的時間差或許被扭曲或誤解，因為有意識思維決策的報告缺少客觀性。神經學實驗通常采用可控輸入：在精確時刻向某人展示某圖片，然后觀察大腦的反應，但實驗中將被試有意識的動作意圖作為輸入，顯然是以主觀的方法確定計時時刻。況且由于被試的應答方式已被設定，他們可能會受到一些預先決定的信號的干擾或影響，如此測量的大腦活動就不是與實驗直接相關的了。⑤還有人認為，被研究的大腦區域集中于運動輔助區和前扣帶回運動區，這兩個區域僅僅負責運動計劃的后期部分，而發揮著意志和決斷力作用的更高級的腦區或許處于這部分之外。⑥最后，不同類型的行為情況各不相同，用手指動作指示的行為，不能推廣到思維領域或其他運動神經的動作。僅僅是一個動作出現在自我意識到它開始之前，并不意味著意識不能對它進行批準、修改或取消。畢竟，動手指這樣的簡單行為與審慎的思考或決定之間仍然相去較遠。

　　自由意志之所以成為一個哲學問題，是因為它與因果決定論構成了矛盾，而后者是人們賴以理解世界的基本規律框架。人們的日常觀念接受了萬事萬物間存在先后承繼彼此支配的關系，并且假設自然界一切事件的發生都是足夠原因的結果。因此，當人們尋求某個事件的因果解釋時，人們預設了以此找到的存在于事件背景中的原因，足以導致正在發生的事件。可是，假如一個人的想法被嚴格編碼到他的大腦活動中，人們又如何區分這兩個作為同一物理運作的不同方面？于是，相反的觀點主張，當一個人運用自由意志去做決定時，這個做決定的“自由瞬間”就被看作因果鏈條間的間隔。在每個動機和行為之間，自由意志出現，則因果鏈條斷裂。⑦在決定論看來，根據定律L，在條件C下，演繹出事件E(C是E的充分條件)，那么，C和E就構成了因果關系。而事實上，人類的行動、意圖、信仰以及欲望之所以會存在，恰恰依賴于一個特定的系統，在這個系統中，人類自身的行為方式以及“刺激—反應”規律發揮著明確的作用。人們得以與他人進行理性的交流，能夠領會他人的言行舉止，都基于這樣一個前提，即他人的思想與行動必須以彼此認同的“共享現實”為軌道，而人們理解自己的行為，也同樣離不開這個前提。因此，作為大腦中自發的那一部分，自由意志的理由并不是隨意的。