那么，神經科學實驗是否挑戰了自由意志觀念？回答這一問題之前，人們必須厘清所謂的判決性實驗否定的是什么，以及這些部分對人來說到底意味著什么。與哲學的(從因果決定論出發)和神學的(從上帝的全能全知出發)討論不同，神經科學更多地是從意圖和行動的角度入手，將自由意志問題轉化為行為的決策和控制的問題，而行為的自我控制感和引起行為的真正原因是可以分離的。我感覺到我在做這件事，但就在此時此地，我也可以做完全不同的事情。就這些情況來說，我基于某一原因采取行動在因果上并不足以決定此行為。⑧該行為是被激發的，而不是被決定的，在被知覺到的原因和行為之間存在間隔。這個間隔就是自由意志。即使我是一個堅定的決定論者，基于每件事都是被決定了的這一原因，拒絕做出任何選擇，那么對于我來說，我拒絕做出選擇也只有基于自由這一假設才是可理解的——我自由地選擇了不做任何自由選擇。

　　在此需要澄清，個體層面的經驗與亞個體層面上的神經活動有著本質區別。神經科學家傾向于將自由意志限定為動作的激發或反應，而自由意志陳述的卻是個體層面的行為的可能性。兩種用法都有真實的所指，都有其不同層次的本體論地位，但不同用法可能指稱的是完全不同的對象或實在。人們所描述的經驗屬于作為整體的個體(person)，其行為間的相互關系受知識、信念、欲望、猜想和推理等支配，這些相關的聯結包含著邏輯的或概念的成分。例如，“高興”是在個體的層面上做出的歸屬，這一判斷部分取決于關于愉快的概念以及對愉快的理解。與此相對照，經驗所依賴的神經活動是亞個體(sub-personal)層面上的現象，其內容缺少整體性和規范性特征，無法說明邏輯上的關聯。由于沒有做出這樣的區分，一些認知神經科學家在概念層次間做了不恰當的跨越，將實驗得出的亞個體層次的行為傾向的結論看作是對個體層次上的行為選擇可能性的否定。⑨

　　神經科學本身不能給出自由意志是否存在的答案，原因在于，以下兩者的區別至關重要，即觀察者所定義的有關刺激的信息，以及刺激對于該主體而言具有什么意義。⑩毫無疑問，內在可觀察的“心智”事件與外在可觀察的“物理”事件之間是有關聯的，但它們的關系只能通過對這兩個獨立現象進行同時觀察才能發現，(11)否則，人們從第三人稱視角進行的觀測將無法“親知”第一人稱視角的經驗。例如，人們對被試的腦皮層施加電刺激，被試感覺到的卻是手指痛。這意味著，承認某一瞬間的意識伴隨著某些神經活動是一回事，而要在對世界形成連貫的有意向的體驗意義上認為神經活動充分顯現了意識，(12)則完全是另外一回事情。

　　神經科學運用腦區激活差異的數據試圖闡明：大腦的各個區域如何工作？不同腦區是如何交互作用的？大腦如何處理不同類型的問題？這極大地增進了人們對認知的理解。與此相對照，心靈哲學關心的是：什么叫疼痛？什么是感受質？自我是什么？……當人們追問這些問題時，是在追問那些對所有具有相關心靈能力的現實的或可能的生物來說，擁有某種心靈能力或狀態的共性是什么。神經科學的探索與心靈哲學的思考是不能彼此替代的，盡管心靈哲學應當關注神經科學提供的那些關于“如何”問題的解答。