結構主義把結構作為行動的決定因素，認為結構這種無法觀察到的自然或社會之物具有因果力，進而探尋這種因果力及其歷史動力。這意味著它反對理性主義的原子簡化論，認為社會行為不能僅僅通過受制于自身的物質原子及其運動規律來加以解釋。例如，不應只關注社會革命的暴力或政治沖突，而“應該考察作為整體的革命，考察它們的許多復雜性”。而且，結構主義將原因看作具有必然性的自然發生的因素，這意味著它不同于理性主義的演繹-通則式解釋法，不認可那種通過必然性的實證主義來確定原因的邏輯。

　　以特定的本體論和方法論為基礎，各研究范式發展出了各自的比較方法。理性主義方法論視個體為理智的思考者，將人們的愛好與信念植根于物質世界，將行動者作為思想實驗的實施者。因此，理性主義列出了針對思想實驗的“決定性”證據，這些證據是可證偽、可觀察的，也就是說，他們同時提出了無效假設和反例。例如，貝茨提出了一系列回歸等式，證明政治制度和公共政策影響著肯尼亞的糧食庫存，即制度的實施可能會將豐足轉變為饑饉、將干旱轉化為糧食危機，并指出這種情況在許多發展中國家的農業政治中是普遍存在的。總之，理性主義秉持定量方法和一種實證主義的科學哲學，并試圖構建一種知識結構來對非理性行動進行解釋。

　　文化主義通過對意義進行比較分析來理解事物。由于意義是特定文化所特有的，所以文化主義主要進行案例研究，認為案例是獨特的，個案的特征是由歷史偶然性決定的，個體發展基本上是由不斷發生的歷史偶然事件所決定的。所以，文化分析路徑對跨個案的概括持否定態度，反對通則研究，認為根據不同地域或社群的隨機樣本進行研究，得出獨立于空間、時間和背景的概括，是難以成立的。理論和實驗不會在所有環境下都以完全相同的方式呈現，個案不是一般規律的表現，修正、例外和條件性才是常規現象。比較主義者不應根據理想類型的理論和概念來進行思考，因為它們并不存在。

　　結構主義通過把社會結構模式化來觀察各結構之間的異同，據此把這些結構模式劃分為不同的種類，從而使我們可以對這些特定的結構種類進行分析和概括。由于這種結構劃分或結構種類有其特定的適用范圍，既不是普遍主義的也不是特殊主義的，所以，結構主義處于理性主義的普遍主義和文化主義的特殊主義之間，它的分析單位通常處于全體與個體、一般與特殊之間，是通過將個案劃分為不同的種類并建立起分類框架來達到概括目的的。所以，根據研究對象的內容與形式即特定結構種類進行分類研究就是結構主義比較方法的基本特征。