清初遺民思想在小說作品中同樣有著充分的體現。清代《女仙外史》作者呂熊曾明確提出此書的取名原因，劉廷璣《江西廉使劉廷璣在園品題》對此有所記載：

　　歲辛巳(按：康熙四十年)，余之任江西學使，八月望夜，維舟龍游，而逸田叟(按：呂熊號逸田)從玉山來請見。杯酒道故，因問叟：“向者何為？”叟對以將作《女仙外史》。余叩其大旨，日：“嘗讀《明史》，至遜國靖難之際，不禁泫然流涕，故夫忠臣義士與孝子烈媛，湮滅無聞者，思所以表彰之，其奸邪叛逆者，思所以黜罰之，以自釋其胸懷之哽噎?！?68)

　　呂熊，蘇州府昆山縣人，出生于明末。呂熊的父親呂天裕是一個頗具民族氣節的愛國志士：“以國變故，命熊業醫，毋就試。”(69)父輩的熏陶以及目睹清兵在江南的種種暴行，使呂熊堅定了反清復明的信念，他有感于明代“忠臣義士與孝子烈媛”事跡湮滅無聞，希望通過創作《女仙外史》以“褒顯忠節，誅殛叛佞”，(70)補充《明史》記載之不足，并由此抒發個人情懷。他在此書第十九回《女元帥起義勤王眾義士齊心殺賊》肯定唐賽兒率義兵勤王的行為，在清初特定的歷史環境下，這種描寫就被賦予了特殊的時代內涵?！杜赏馐贰返谝话倩亍吨页剂x士萬古流芳烈媛貞姑千秋表節》，陳奕禧回評曾對小說的創作主旨予以揭示：“(呂熊)作《外史》者，自貶其才以為小說，自卑其名曰‘外史’，而隱寓其大旨焉?！?71)可見呂熊創作《女仙外史》的“大旨”在其小說命名中就得到集中體現。

　　正因為如此，在清代道光二十四年(1844)、同治七年(1868)數次查禁《女仙外史》，清人周召《雙橋隨筆》卷二指出：“文人之筆，有離經畔(按：同“叛”)道而啟人以誕妄邪淫之習者，如《女仙》《劍俠》《述異》《搜神》《靈鬼》《暌車》《北里》《平康》《比紅兒》《小名錄》之類是也?！?72)《女仙外史》雖然是被列為“淫詞小說”而禁毀，實際上禁毀此書的深層原因則是它所隱含的反清復明思想。

　　清初陳忱托名“古宋遺民”創作《水滸后傳》，卷首有署名“雁宕山樵”作于萬歷戊申(1608)的序言，小說中還印有“元人遺本”字樣，貌似元明時期所作，實際上這些都是作者為躲避清初統治集團的打擊、迫害而作的“偽裝”，清代俞樾根據沈登瀛《南潯備志》考定為陳忱于清初所作，寄寓遺民思想。雁宕山樵在《水滸后傳》卷首序言中抒發出作者的遺民心態：“嗟乎！我知古宋遺民之心矣。窮愁潦倒，滿腹牢騷，胸中塊磊，無酒可澆，故借此殘局而著成之也。然肝腸如雪，意氣如云，秉志忠貞，不甘阿附，傲慢寓謙和，隱諷兼規正，名言成串，觸處為奇，又非□(按：原字模糊)然如許伯哭世、劉四罵人而已?！?73)清初一些小說借宋金沖突表達反清復明思想，例如錢彩的《說岳全傳》歌頌南宋將領岳飛抵抗金兵入侵的愛國行為，鞭撻、丑化金人，倡導民族氣節，“內有指斥金人語，且詞內多涉荒誕”。(74)作為與遼金一樣的少數民族，滿清統治者很害怕《說岳全傳》這類的小說戲曲作品，因此對此加以禁止。乾隆皇帝于四十五年(1780)十一月禁毀戲曲時指出：“至南宋與金朝關涉詞曲，外間劇本往往有扮演過當以致失實者，流傳久遠，無識之徒或至轉以劇本為真，殊有關系，亦當一體飭查?！?75)這則材料也從側面表明清初借宋金沖突表達遺民思想的戲曲小說作品是普遍存在的。

　　以小說命名自寓個人的人生經歷、生活境遇，表達自己對社會、現實的看法，這類作品在明清時期較為常見。《草木子》是明初葉子奇撰寫的一部文言小說集，涉及的內容很廣。葉子奇為當時浙西有名的學者，洪武年間曾擔任岳州巴陵縣(今湖南岳陽市)主簿，后因事牽連無辜下獄，在獄中撰《草木子》一書。葉子奇見聞甚廣，知識淵博，他在《〈草木子〉自序》中交代為自己的著作取名為“草木子”的原因：入獄以后，擔心身遭不測，“與草木同腐”，所以取名“草木子”。(76)據《草木子》一書正德刻本序，葉子奇別號“草木子”，(77)因此此書命名也是按作者字號命名。取名“草木子”，與左丘明《國語》、司馬遷《史記》一樣，實為感慨而作，感慨個人的命運如草木一樣微不足道、生命短暫。