經過有關國有企業承包經營責任制的討論和質疑，特別是經過實踐的檢驗，20世紀90年代之后，“承包熱”冷卻下來，國有企業改革轉到股份制改革道路上來。股份制企業可以采取股份有限公司形式，也可以是上市公司，但一個共同特征是：產權清晰。這樣就可以按照國有企業所屬行業不同，分別制定國有企業股份制改革方案。

　　整個20世紀90年代，股份制改革都是經濟體制改革的重點。股份制企業大體上分為兩大類，一類是經營性行業的國有企業，國有資本控股多少不采取統一標準，根據行業性質和企業規模而定。這樣改制的企業，可以稱為混合所有制企業。另一類是特殊行業的國有企業，在實行股份制改革后，需要國家控股；至于國家控股多少，也要依據行業性質和企業規模而定。

　　20世紀90年代的股份制改革是一件大事。它的主要意義不在于開辟了向資本市場融資的渠道（當然，融資也是重要的），而是切實轉換企業運行機制。為此，必須健全企業法人治理結構，包括股東會、董事會、監事會、經理，進一步完善考核制和任期制，建立現代企業制度。股份制企業法人治理結構的完善，不是短期內就能完成的任務。但只要改革方向對頭，進一步改革和完善企業治理結構就有希望。再進一步看，由于改革開放初期我國處于市場既不完善而又缺乏真正市場主體的狀態，所以改革應當以產權改革為主線，而企業股份制改革則是明晰產權、界定產權、培育獨立市場主體的最佳途徑。以股份制改革和建立現代企業制度為基礎，國有企業改革理論逐步豐富和發展起來。

　　從林權改革到農村土地確權：中國特色產權理論建立

　　1979年全國各地農村開始推廣家庭聯產承包責任制時，本來沒有把林地包括在內，但當時一些地方把林地也給承包了。正值改革初期，農民們對改革形勢還認識不清。一些人承包了林地之后就開始砍樹，他們認為政策可能改變，今年既然把林地承包給我，不砍樹賣錢就可能吃虧。結果，砍樹成風。這導致了林地承包改革的停滯。直到本世紀初期，才在福建、江西、遼寧、浙江等省進行林權改革試驗。2008年6月，中共中央國務院頒布了《關于全面推進集體林權制度改革的意見》，一場意義深遠的重大改革才正式啟動。

　　林地承包到戶比耕地承包到戶晚了20多年，但在理論和實踐上有三個突破：一是明確了“70年不變”的年限。70年時間，孫子輩都長大了，正是“爺爺種樹，孫子乘涼”。林農的積極性大增，愛林護林的熱情高漲。二是林地承包經營權和承包林地上的樹木可以用于抵押、取得貸款。這樣，林農發展林業和開發林下經濟就有了資金。三是林地承包究竟承包給哪一級？是村級、鄉級還是林業合作社？當時學術界曾有爭論。而中央的決策是承包到林農戶，“一竿子插到底”。這就大大調動了林農的積極性。

　　集體林權制度改革為下一階段的農村土地確權作了準備。農村家庭聯產承包責任制推廣時，并未經歷土地確權階段。林地確權了，發了產權證，明確了財產權，林農安心了，現在輪到農村土地確權了。浙江、重慶、四川等省市，在黨的十八大召開前后，試行了農田和宅基地及其上面農民自建住房的確權工作。具體地說，農民的承包地有承包經營權，農民的宅基地有宅基地使用權，農民在宅基地上自建的住房有房產權，三權（農民承包土地的經營權、農民宅基地的使用權、農民在宅基地上自建住房的房產權）和三證（農民承包土地經營權證、農民宅基地使用權證、農民在宅基地上自建住房的房產證）配套。這樣，農民的心就定了，不怕土地會無緣無故地被圈走。這就大大激發了農民的生產積極性。