第三，農民住房財產權抵押權實現之時，抵押權人就農民住房財產權進行變價，并不涉及集體土地所有權。農民住房財產權雖由農民房屋所有權和宅基地使用權共同構成，但其仍屬農民的私人財產，宅基地使用權取得的無償性和福利性并不影響宅基地使用權的財產屬性，在依《“兩權”抵押指導意見》確定的試點地區更是如此。集體土地所有權之上為他人設定宅基地使用權之后，自應受該宅基地使用權的約束。農民住房財產權抵押權的設定，對集體土地所有權并不發生不利影響，即使此后實現抵押權，導致宅基地使用權轉移，受讓人取得的宅基地使用權也不超過原已設定的宅基地使用權，并未加重集體土地所有權人的責任或負擔，因此，也就無須取得集體土地所有權人的同意。
至于有的地方規定，農民住房財產權抵押時應先將宅基地使用權變更為集體建設用地使用權，這在一定程度上是為了規避物權法關于宅基地使用權不得抵押的規定和現行法關于宅基地使用權僅能轉讓給本集體經濟組織成員的規定。在試點地區，如物權法關于宅基地使用權不得抵押的規定已經暫停實施，自無須再將宅基地使用權變更為集體建設用地使用權。
(二)登記在農民住房財產權抵押權設定中的地位
我國物權法上因禁止宅基地使用權作為抵押物，也就沒有規定宅基地使用權抵押權的公示方法和公示效力。如果全國人大常委會授權試點地區在試點期間暫停實施物權法第184條第2項之后，試點地區按照《“兩權”抵押指導意見》的部署推進農民住房財產權抵押貸款試點，則產生了金融機構如何公示其在農民住房財產權之上的抵押權問題。因為，金融機構的農民住房財產權抵押權，以就農民住房財產權的變價款優先受償為權利內容，在性質上為物權，而且是不動產物權，自應以一定的外部表征為世人所知。
第一，我國物權法就基于法律行為所引起的不動產物權變動，采取的公示方法是登記，且未經登記，不動產物權變動不生效力(第9條)，登記生效主義成了不動產物權變動的一般原則。只有在法律另有規定的情況之下，不動產物權變動才能采取其他模式。“雖然條文沒有使用‘必須登記’的行文，但除了法律有特別規定的以外，所有的不動產物權變動都必須采取登記形式。”(58)農民住房財產權抵押權當屬不動產物權，且法律上就其公示沒有做出特別的規定，依體系解釋方法，自應采取登記生效主義。有的試點地方在明確“房地一致”原則的基礎上，明確規定了“抵押權自登記時設立”。(59)
第二，就不動產抵押權的物權變動模式，物權法明確規定，以“建設用地使用權”設定抵押權的，采取登記生效主義。宅基地使用權不屬于物權法第180條第1款第1項至第6項的抵押物之列，而應屬于該款第7項“法律、行政法規未禁止抵押的其他財產”。宅基地使用權是在集體土地之上設立的以建造并保有住宅為目的的用益物權，就其權利內容而言，宅基地使用權與建設用地使用權相似，只不過，前者只能在集體土地上設定，且用途僅限于建造并保有住宅；而后者還可在國有土地之上設定，且用途還包括除了住宅之外的其他建筑物和構筑物。既然物權法就建設用地使用權抵押權采取登記生效主義，基于平等的原則和正義的要求，(60)應對宅基地使用權抵押權作同一處理，即亦應采取登記生效主義。
第三，在“房地一致”原則之下，農民房屋所有權抵押的，該房屋占用范圍內的宅基地使用權同時抵押；宅基地使用權抵押的，其上農民房屋所有權同時抵押。就農民房屋所有權(物權法第180條第1款第1項所稱之“建筑物”)而言，我國物權法第187條規定，其上抵押權采取登記生效主義，未經登記，農民房屋所有權抵押權不設定。在不動產統一登記制之下，農民住房財產權抵押權所及的宅基地使用權部分亦應作相同解釋。
第四，學說上就宅基地使用權“登記生效”抑或“登記對抗”的爭議，對于農民住房財產權抵押權的登記生效不應發生影響。就宅基地使用權的公示方法和效力，物權法并未作出明確規定，僅從物權法第155條的文義可以看出，宅基地使用權并不以登記為生效要件。(61)這一規定“既切合了我國物權制度發展的大方向，也有利于從實際出發，未雨綢繆，防范于未然”。(62)就改革背景下宅基地使用權的物權變動模式，一種觀點認為應當采取登記生效主義；(63)另一種觀點認為應當采取登記對抗主義。(64)無論是哪種方案，宅基地使用權抵押權均應采取登記生效主義：在第一種觀點之下，應無疑義；在第二種觀點之下，為了維護交易安全，如宅基地使用權人欲設定抵押權，則應當先行辦理宅基地使用權設定登記，然后再辦理宅基地使用權抵押權登記，否則不發生設定宅基地使用權抵押權的效果。可以提供佐證的是，現行法上就土地承包經營權的設定并沒有采取登記生效主義，但土地承包經營權抵押權也是采取登記生效主義(物權法第187條)。各試點地方就農民住房財產權抵押時要求抵押權人取得《房屋所有權證》、《集體土地使用證》或《宅基地使用證》，其原理與依據即源于此。雖然農民住房財產權中的宅基地使用權并不以登記為生效條件，但如欲以農民住房財產權設定抵押時，應當先行登記。
